南京市小市中心小学始建于1919年,是由著名教育家陶行知先生创办的乡村学校之一, 前称神策门小学，由社会贤达王亮臣等人筹建。后日本侵略中国，学校被炸毁，办学地址迁至和平门。

    解放后改名为东门街小学，座落在南京商厦正大门对面（即现在的神策门公园），九个教学班。小市街靠铁道边有一清真寺，附设和平门小学，四个教学班。

    一九五一年七月一次台风将东门街小学校舍全部刮倒，由此两校合二为一，仍以东门街小学命名，同时选址新校舍（现在的小市中心小学所在地），一九五二年校舍落成。几经变迁，后学校划归下关区。一九六三年学校划为鼓楼区。文革中，东门街小学被命名为小市中心小学。

一九七九年四月由栖霞区政府筹建了教学网络片，小市中心小学为教学片中心校。一九八二年九月市规划局、栖霞区政府联合会议决定：拓宽和燕路，正式拆建小市中心小学。一九八四年新校舍建成，即今天的校址---和燕路12号。一九九五年初区规划调整为下关区。2008年初,因布局调整，下关区小市小学并入小市中心小学，现拥有32个教学班，1400多名师生。